Es el área de bosque húmedo tropical inundable más extenso de la Amazonía Peruana y, la segunda, más grande, área natural protegida del Perú, con una extensión superior a los dos millones de hectáreas. Se encuentra en la Región Loreto, distrito de Nauta. Está delimitada por los dos grandes ríos, el Marañón y Ucayali, que originan el Amazonas. Presenta tres cuencas principales la del Samiria, la del Pacaya y la del Yanayacu- Pucate.
La Reserva comprende mayormente una planicie de selva baja aluvial e inundable. Esta topografía, sumada al régimen hidrológico alternado de la Amazonía de crecientes y vaciantes, determina un atractivo paisaje de cochas, caños, islas y bosque inundado, cambiante a lo largo del año.
La temperatura es de 28°C en promedio; las lluvias pueden alcanzar valores de 3,000 mm. anuales, la humedad oscila entre 80 a 90% todo el año. En verano (junio-septiembre) las lluvias disminuyen, pero nunca desaparecen totalmente, se presenta el fenómeno del «friaje», haciendo que la temperatura baje hasta los 16°C, por unos días. En esta región no hay estaciones según la definición común y cuando se habla de verano e invierno, se debe más al estado de los ríos y la cantidad de lluvia que a los cambios de temperatura y condiciones atmosféricas.
Reserva se puede visitar todo el año. De Junio a Enero, temporada de «vaciante», el agua de los ríos baja considerablemente, la navegación se hace más lenta, y es la época más recomendable para observar especies de animales típicos de las zonas húmedas como lagartos, lobos de río, aves locales y migratorias.
En temporada de lluvia, gran parte del área está inundada, su máxima expresión es en los meses de febrero y marzo, es cuando se manifiestan imponentes floraciones y fructificaciones donde es más fácil observar primates, mamíferos, insectos etc. en zonas de la Reserva que permanecen secas.
Emblemáticos de la Reserva, en cualquier época del año, son los amigables delfines rosados, que nos acompañaran en varios tramos, como para invitarnos a conocer más de este mundo misterioso y fascinante.
Tratándose de área natural protegida por el Estado los visitantes deben respetar las normas de visitas de la Jefatura de la Reserva, realizando un pago de ingreso y ceñirse a las indicaciones de los guarda parques y guías locales.